MA Mafaza Bantul berawal dari kepedulian terhadap anak-anak yatim dan dhuafa yang membutuhkan tempat tinggal dan pendidikan layak. Pada November 2012, Allahuyarham Bapak Sunardi Syahuri dan Ibu Noor Liesnani Pamella dengan penuh keikhlasan mewakafkan rumah di Jl. Veteran untuk menampung mereka. Awalnya, anak-anak tersebut bersekolah di madrasah negeri pada pagi hari dan mengikuti pendidikan diniyah di rumah tersebut pada sore hingga malam hari.

Namun, setelah tiga tahun berjalan, sistem ini dievaluasi karena pembagian waktu belajar yang kurang efektif. Melihat hal tersebut, Yayasan Al Ishlah Terpadu mengambil langkah strategis dengan mendirikan madrasah sendiri agar pendidikan umum dan keagamaan dapat terintegrasi. Maka pada 23 Mei 2016, berdirilah Madrasah Aliyah Mafaza Bantul, sebagai wujud komitmen menghadirkan pendidikan holistik yang menyatukan akademik, karakter, dan nilai-nilai Islam.